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12.D解析：蛋白质工程是指以蛋白质分子的结构规律及其与生物功能的关系作为基础，通过改造或合成基因，来改造现有蛋白质或制造一种新的蛋白质，因此对Cry蛋白的改造是通过改造Cry蛋白的相关基因来实现的；

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